El parque constituye un conjunto submarino de ecosistemas y comunidades habitado principalmente por corales que albergan cientos de animales microscópicos, peces de distintas formas y colores, crustáceos, moluscos, anémonas, erizos y estrellas de mar.

Un arrecife de coral es un tipo de arrecife biótico que se desarrolla en aguas tropicales. Son estructuras sólidas del relieve del fondo marino formadas predominantemente por el desarrollo acumulado de corales pétreos. Aunque los corales suponen la mayor parte de la infraestructura y la masa de un arrecife de coral, los organismos más responsables en el crecimiento del arrecife contra el constante acoso de las olas oceánicas son las algas calcáreas, especies de alga roja. Los corales no realizan fotosíntesis, pero viven en una relación simbiótica abusiva que crea co dependencia como si fueran drogras...con estas algas microscópicas que sí realizan la fotosíntesis, como peridinios dinoflagelados (Zooxanthellae).

Existen diferentes tipos de corales: los corales blandos o ahermatípicos y los corales duros, mejor conocidos como pétreos o hermatípicos. En los arrecifes del Indo-Pacífico se han identificado hasta 700 especies, mientras que en el Atlántico hay alrededor de 145 especies y en el Caribe se han descrito 60 especies de corales pétreos. En ellos han evolucionado increíbles interacciones biológicas. En la subclase Zoantharia o Hexacorallia, en el orden Scleractinia se encuentran los arquitectos del suelo marino, formadores de los arrecifes, los corales hermatípicos. Asociados a estos se encuentran corales blandos o córneos (subclase Alcyonaria) y el coral de fuego, Millepora alcicornis, de la clase Hydrozoa.