Allí habita también el oso de anteojos, la danta de páramo, águilas, venados y aves en cantidades y colores deslumbrantes, se han reportado paujiles y pavas, abundantes especies de colibríes, toro de monte y buen número de ejemplares de águila. De hecho, una de las actividades más practicadas por los ecoturistas es el avistamiento de aves.

Vegetación: en Otún se presentan familias características  de la selva húmeda andina. Entre las especies de  más representativas se encuentran la Ceiba; el cedro negro; el cedro rosado; el higuerón; el abrazapalos; el laurel comino; el pino colombiano; palma macana y palma de cera.  

Suelos: predominan en la zona los Andosoles, los cuales pueden tener dos factores determinantes de su formación: un factor físico como es el clima húmedo sin periodos secos, de carácter y comportamiento montañoso;  o la presencia de material mineral de origen volcánico, rico en productos amorfos silicoluminosos hidratados y asociado a materia orgánica (vidrios). Estos  dos factores en conjunto son los responsables de la constitución edáfica de la cuenca del Otún. 

Clima: característico de una montaña tropical fría. 

Hidrografía: por el santuario pasa el  río Otún y Barbo